科研整体解决方案

Single Cell Transcriptome
单细胞转录组
传统的基因组和转录组测序技术通常是在样本细胞群体的基础上进行,掩盖了细胞之间的差异性。单细胞转录组测序是在单细胞水平上进行高通量RNA测序的一种新技术,可以获得单细胞水平转录组表达数据,从而了解样本的细胞异质性信息,实现细胞群体的划分和差异分析、细胞演化过程以及细胞间相互作用等分析,描绘高分辨率的细胞图谱。

技术原理

利用波滴法的原理,通过微流控分选单个细胞,将带有barcode、UNI(特异分子标签)的凝胶珠与细胞或细胞核、酶以及分液油混合,产生单细胞乳液微滴,每个微滴都作为单独的反应体系。凝胶珠溶解,细胞裂解释放mRNA,通过逆转录产生用于测序的带条形码和独特分子标签信息的cDNA。微滴油层破碎,cDNA扩增,制备cDNA文库,然后使用Illumina测序平台对文库进行测序检测,即可获得大量单细胞的基因表达。

技术优势

  • 细胞通量高
    单次实验可以同时检测8个样本,每个样本最多可以捕获到上万个细胞
  • 检测时间短
    细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库可以在一天之内完成
  • 细胞捕获效率高
    单细胞捕获效率高达65%
  • 细胞可适性高:
    对细胞大小及细胞类型无限制
    直径超过40μm细胞可以检测细胞核
  • 简单便捷
    集单细胞分选、扩增、建库于一体,自动化程度高,无需人工操作

应用领域

  • 10x Genomics单细胞测序技术主要应用于单细胞的基因表达谱、细胞异 质性和功能差异研究,还可以用于细胞在不同发育阶段以及不同疾病状态 下的单细胞基因表达谱研究。
  • 新的细胞类型鉴定
  • 细胞图谱构建
  • 生物标志物研究
  • 疾病分型研究
  • 肿瘤细胞异质性与免疫微环境研究
  • 疾病发生发展机制
  • 免疫系统发育与分化

相关文献

  • [1]Wang, J., Fonseca, G.J. & Ding, J. scSemiProfiler: Advancing large-scale single-cell studies through semi-profiling with deep generative models and active learning. Nat Commun 15, 5989 (2024).阅读全文
  • [2]Wu, H., Zhang, J., Jian, F. et al. Simultaneous single-cell three-dimensional genome and gene expression profiling uncovers dynamic enhancer connectivity underlying olfactory receptor choice. Nat Methods 21, 974–982 (2024).阅读全文
  • [3]Niu, Y., Luo, J. & Zong, C. Single-cell total-RNA profiling unveils regulatory hubs of transcription factors. Nat Commun 15, 5941 (2024).阅读全文
  • [4]Danielli, S.G., Wei, Y., Dyer, M.A. et al. Single cell transcriptomic profiling identifies tumor-acquired and therapy-resistant cell states in pediatric rhabdomyosarcoma. Nat Commun 15, 6307 (2024). 阅读全文